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公共交通機関（電車・バスなど）を利用する場合「最も経済的かつ合理的な経路及び方法」で通勤した場合の定期券の金額になりますが、自転車やマイカー通勤の場合も同様です。
ガソリン代、有料道路代のすべてが手当の対象になるわけではありません。
マイカーなどで通勤している人の非課税となる1か月当たりの限度額が定められており、それを超えると給与として課税されますので注意が必要です。

【出典：国税庁/タックスアンサー（よくある税の質問）/源泉所得税/No.2585　マイカー・自転車通勤者の通勤手当 （https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/gensen/2585.htm）】